Los arreglos deberian quedar así:
Código PHP:
Ciudades [1] => CIUDAD 1
Departamentos [1] => DEP 1
Ciudades [16] => CIUDAD 16
Departamentos [161] => DEP 2
Ciudades [974] => CIUDAD 974
Departamentos [974] => DEP 3
Entonces el indice en departamentos y ciudades deberia ser el mismo y el que ofrece la estructura...
Cómo lo dije en el post anterior, no sé como deberia estar iterando la estructura para poder generar los arreglos.