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Iniciado por Heli0s 
Yo me puse a realizar proyectos "medianos" por así decirlo, cuando no tenia ni idea de MVC ni de objetos, y cuando ya vas completando el proyecto, y después tienes que realizar alguna modificación en alguna página, o simplemente entender tu propio código, es verdaderamente complicado, y no sabes donde tienes que poner el código, ni nada, desde luego cuando te centras en separar el código y organizarlo bien, es cuando puedes realizar cosas grandes, y si no sabes ver eso, es porque no has hecho ningún proyecto grande, y dudo que lo hagas pensando que organizar el código es una tonteria y echarle florecitas.
Un saludo
Exacto
Heli0s, yo digo que a todo programador cuando va creciendo profesionalmente le sucede esto, es demasiado difícil manter el código desorganizado y embebido con HTML.
A mi tambien me sucedio lo mismo, iba a actualizar la versión de un proyecto y note que el código era un completo desastre.
Así que investigue y empece con PHP 5 Orientado a Objetos y eso me ayudo un poco con la lógica del proyecto, pero tenia que ver como podía separar la lógica, de la vista y las bases de datos, ahí entra MVC.
Tengo entendido todo esto ya que he trabajado con Java y un poco de Ruby on Rails.
Pero para PHP no conozco algun framework o sistema de plantillas que sea aceptado por la comunidad por ser bueno.
Por ejemplo investigue y los mas escuchados y utilizados son:
Frameworks MVC:
Cita: Symfony
Codeigniter
PHPKumbia
y Sistemas gestores de plantillas:
Pero se si haya algunos más recomendados.
Saludos!