No te esta interpretando el php, en el tutorial de doctrine se comieron el <?php, debería ser asi:
Código BASH:
Ver original#!/usr/bin/env php
<?php
define('BASEPATH','.'); // mockup that this app was executed from ci ;)
chdir(dirname(__FILE__));
include('doctrine.php');
me auto-corrijo, la ubicación del fichero es en
system/application, y con respecto a la pregunta, en el Yml definís los modelos y a partir de la consola generas y editas tanto los modelos como la bbdd, cuando quieras agregar, editar o eliminar un campo lo único que tenes que hacer es editar un simple Yml y después con dos sentencias(generate-yaml-models + build-all)actualizas tus modelos y la bbdd, es mas podes agregar los fixtures(datos de prueba) y con solo hacer build-all-reload te regenera la tabla con datos de prueba, es una pasada la verdad.
Te hago una pregunta, es para un proyecto en concreto o es algo que estas probando ?