En mi caso utilizo Zend asi que la estructura es la modular que el FW propone pero se podría utilizar de base para otras estructuras:
Código PHP:
project/
application/
configs/
layouts/
filters/
helpers/
scripts/
modules/
default/
services/
configs/
controllers/
helpers/
layouts/
filters/
helpers/
scripts/
models/
views/
filters/
helpers/
scripts/
data/
cache/
indexes/
locales/
logs/
sessions/
uploads/
docs/
library/
public/
css/
/core
/plugins
js/
/core
/plugins
images/
.htaccess
index.php
scripts/
jobs/
build/
temp/
tests/
Saludos.