Por que me repite el id? ronda los 5 ultimos ids

[Triby]

En el paso 1 lo unico que estas haciendo es leer toooodos los registros de la tabla y despues solo contarlos.

$id = $num+1;

No te almacena una id de usuario, sino el total de registros en la tabla mas uno.

Para verificar que no se dupliquen nombres de usuario lo correcto seria:
Paso1

Código PHP:

$sql = "SELECT id_sql FROM tabla WHERE campo_de_nombre_de_usuario = 'nombre que se quiere registrar'"; 
$res = mysql_query($sql); // Ejecutas la consulta
if(mysql_num_rows($res) > 0) { // Se obtuvieron registros?
    // Nombre de usuario ya registrado!!!
} else {
    // Todo bien, continua el proceso
}