Según la 
documentación onLoading no esta implementado en todos los navegadores de forma consistente y deberías evitarlo, utiliza mejor onCreate:    
Código Javascript
:
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new Ajax.Updater('bodychange', 'basedatos_<?php echo "$i";?>.php' {
    asynchronous:true, 
    parameters:params, 
    evalScripts: true,
    onCreate: function(){
        toggleLoader(false);
    },
    onComplete: function(){
        toggleLoader(true);
        if($('cfx')){/*Formulario Error*/
            new Effect.Pulsate('cfx', { pulses: 4, duration: 1.8, queue: {scope: 'cfxscope'}});  
        }
        if($('cfa')){/*Formulario Ok*/
            new Effect.Pulsate('cfa', { pulses: 4, duration: 1.8, queue: {scope: 'cfascope'}});    
            new Effect.Fade('cfa', { duration: 7.0, queue: {position: 'end', scope: 'cfascope'} });
        }
    }
});
...
function toggleLoader(show) {   
    $('ContenidoFormulario')[show ? 'show' : 'hide'](); 
    $('ContenidoCargando')[!show ? 'show' : 'hide']();
}
  
Nota: ten en cuenta que en development puede ser tan rapido que ni siquiera veas el loader, en production al ser mas lento lo vas a ver. 
Saludos.