Sí, es posible y no parece ser difícil. Probemos...
Código PHP:
Ver original$consulta=mysql_query("SELECT * FROM maestros WHERE usuario=$usuario AND contrasena=$contrasena");
if($contar>0){
echo"Correcto"; // aca haras la operacion correspondiente
}else{
$consulta2=mysql_query("SELECT * FROM estudiantes WHERE usuario=$usuario AND contrasena=$contrasena");
if($contar2==1){
echo"Correcto"; // lo mismo que antes
}else{
echo"Usuario y/o contraseña incorrectos.";}
Obviamente adaptando el nombre de la tabla y las variables utilizadas.
Espero que te sirva, luego contame.
Un saludo.