No se pueden referenciar jar internos de una forma estándar. Lo normal es poner todos los jar en una misma carpeta, separados, y no un único jar con los demás dentro. En eclipse te funciona porque los jar están separados como ficheros normales y no hay un jar de tu aplicación mientras lo ejecutas.
Si quieres meter todo en un único jar, tienes que usar librerías como one-jar
http://one-jar.sourceforge.net/
Se bueno.