Podria ser que IE8 te esta bloqueando la ventana emergente al considerarla spam.
Para evitar esto te recomiendo no mandar a llamar la funcion, si no abrir el popup directamente:
echo "<td width=\"50\"> <a onclick=\"window.open('panel_sistema_popup_ver.php ?id=$id','nombre pagina','toolbar=no, location=no, directories=no, status=no, menubar=no, resizeable=yes, width=600, height=750, top=30, left=100' );\">Ver</a>" ;
queda algo burdo pero así no se considera spam o bien puedes hacer un ahref común con target=_blank para abrir en una pagina aparte.