La única referencia que se me ocurre darte son links del manual de PHP.
Basicamente lo que debes hacer es abrir tu txt con la funcion file(). Luego le haces un implode() y obtienes una cadena con el contenido total del archivo lista para modificar.
Código PHP:
$archivo = "archivo.txt";
$arrfile = file($archivo);
$contenido = implode("", $arrfile);
Luego a esa cadena puedes aplicarle las funciones de cadena (jejeje)
http://www.php.net/manual/es/ref.strings.php
Y luego sobreescribes el txt con un archove creado con fopen().
Pero si el txt esta estructurado de alguna forma puedes usar explode() (por ejemplo) para "parsearlo".
Otro link: funciones del sistema de archivos.
http://www.php.net/manual/es/ref.filesystem.php