Echa un vistazo aquí:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/join.html
ahí veras las diferencias de usar NATURAL JOIN, JOIN ... USING, INNER JOIN ... ON
No dejes nada al azar y usa siempre que puedas sintaxis poco ambiguas, porque si usas NATURAL JOIN y luego cambias el nombre de algún campo o añades otro nuevo que coincidiera con uno existente, tendrías problemas.