Las IDs son únicas para los elementos de una web, y en el código que pones estás sobreescribiéndolas una y otra vez, por lo que únicamente te funciona con la primera fila.
Para solucionarlo se me ocurre algo sencillo reutilizando el código que tienes:
Código:
<script>
function mostrardiv(num) {
div = document.getElementById('flotante'+num);
div.style.display = "";
}
function cerrar(num) {
div = document.getElementById('flotante'+num);
div.style.display='none';
}
</script>
Código PHP:
$i = 1; // Contador
echo '<td>
<div id="mostrarDiv"><a href="javascript:mostrardiv(' . $i . ');">Mostrar Div</a></div>
<div id="flotante' . $i . '" style="display:none;"> '.$usuario['notas'].' <br><a href="javascript:cerrar(' . $i . ');">Cerrar</a></div>
</td>';
$i++;
Prueba y nos cuentas :)