Cita:
Iniciado por IsaBelM 
te falta usar el contador en esta id
No sería necesario, pese a que no sería validado por W3C por repetir IDs. Las que se muestran y ocultan son los "flotante".
Es posible que sea cuestión de tipos en el JS que al sumar cadena con número no funcione, asi que el número mejor lo ponemos como cadena (con comillas).
Prueba lo siguiente:
Código PHP:
Ver original$i = 1; // Contador
echo '<td>
<div id="mostrarDiv"><a href="javascript:mostrardiv(\'' . $i . '\');">Mostrar Div</a></div>
<div id="flotante' . $i . '" style="display:none;"> '.$usuario['notas'].' <br><a href="javascript:cerrar(\'' . $i . '\');">Cerrar</a></div>
</td>';
$i++;
Si sigue sin funcionarte, péganos por favor el html que te genera ese bucle.