Con este código puedes subir un archivo a tu servidor usando el file upload
   
Código C#:
Ver original- if (this.fuImagen.HasFile) 
-             { 
-                 String path = String.Format("{0}\\media\\{1}\\", Request.MapPath("\\"), "archivos"); 
-   
-                 if (!System.IO.Directory.Exists(path)) 
-                 { 
-                     System.IO.Directory.CreateDirectory(path); 
-                 } 
-   
-                 this.fuImagen.SaveAs(String.Format("{0}{1}", path, this.fuImagen.FileName)); 
-   
-             } 
Siendo fuImagen el FileUpload, puedes reemplazar la ruta en la que quieres almacenar tu archivo en la variable path. 
Saludos