Bueno solucionado, borre todos los sub y los volví a crear :P
 
Ahora la cosa es, alguna manera facil de cambiar todos los dominios adicionales a 
una sola carpeta? y no estar borrando y volver a crearlos. Y también los subdominios. (es que estoy preparando para una actualización de todas mis webs y estoy organizando todo 

)