Aunque no uses esa librería y lo hagas de forma "manual" deberías de ahí colocar el session_start(), aunque eso te va a llevar a más problemas, ya que Zend_Auth sí depende de Zend_Session_Namespace
.
Internamente Zend_Session::start() hace uso de session_start() por lo que lo puedes usar y seguir usando $_SESSION.
Saludos.