Duda de eficiencia al insertar

[KLap]

Tengo una duda respecto a la inserción en una tabla de una BD en MySQL.

He desarrollado una aplicación en Java que ataca a dos BDs distintas, una SQL Server y otra MySQL. La cuestión es que en dicha aplicación se lanza periodicamente un método que se trae los registros de una tabla con la fecha del día actual a otra tabla de la otra BD e inserta dichos registros.

Mi duda viene en que no sé si es mejor selecciona todos los registros de la tabla en SQL-Server y volcarlos en la tabla de MySQL (dando fallo de primary key en los registros repetidos e insertando solo los que tocan) o bien, hacer una consulta para que me busque la última fecha y hora y luego traiga solo esos registros.

En uno recorro toda una tabla e inserto, pero en el otro tengo que hacer una consulta de más.

¿Alguna idea?

Gracias.