probaste asi??
Código PHP:
$actualizar ="UPDATE riesgos SET idValor='$idValor1' WHERE idRiesgo=1 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor2' WHERE idRiesgo=2 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor3' WHERE idRiesgo=3 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor4' WHERE idRiesgo=4 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor5' WHERE idRiesgo=5 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor6' WHERE idRiesgo=6 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor7' WHERE idRiesgo=7 and idProyecto='$idProyecto';
UPDATE riesgos SET idValor='$idValor8' WHERE idRiesgo=8 and idProyecto='$idProyecto';";
pero nose si se podra hacer varios update en una solo sentencia yo nunca lo e hecho