Mete esta animacion flash en primer sitio.
Es decir, si abarcara todo el body, que sea el primer tag de todo el html.
Pero si solo sera el fondo de una parte, por ejemplo, del
div id="content"
Entonces ponlo en primer sitio, dentro de este.
Ejemplo:
<div id="content">
<EL FLASH/>
<div de contenido></div>
<div de mas contenido></div>
</div>
y con CSS a "EL FLASH" dale propiedades de z-index 1 (a los demas dales un z-index mayor)
Tambien dale y ajustalo a las medidas del div padre (el div padre es
div id="content")
*P.d: el problema debe estar en el orden el tag donde lo pones
