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He hecho una mejora pero aun no esta del todo, ahora lo que hace es imprimir la subsubcategoria hasta la subcategoria que elijas.

Por ejemplo

Alimentacion
Bebidas
Carne
Pez
Verduras
Fruta

Si hago clic en "Bebidas" Se despliegan las subcategorias y queda asi:

Alimentacion
Bebidas
Refrescos
Vinos
Cavas
Infusiones

(No sale carne pez verduras i furta).

Pero por ejemplo si haces clic en "Verduras" que no tiene subsubcateoria aparece lo siguiente:

Alimentacion
Bebidas
Carne
Pez
Verduras

(No sale Fruta) Solo sale hasta donde hagas clic.

Código PHP:

  <? 
include("conex.php"); 
$sqlQueryCat = mysql_query("SELECT * FROM categories ORDER BY ordre ASC")
                            or die(mysql_error()); 
 
if(isset($_GET[select3]) AND $_GET[select3]!=NULL){ $comarca="&amp;select3=";}
 
while($rowCat = mysql_fetch_array($sqlQueryCat)){
?>
   <li  class="even" style="width: 175px;"><a href="index.php?id=<?=$rowCat[cat_ID]?><?=$comarca?><?=$_GET[select3]?>" style="width: 175px;"><?=$rowCat[catCategoria]?></a></li>
<?
if ( isset( $_GET['id'] ) && !empty( $_GET['id'] ) &&  $_GET['id']==$rowCat[cat_ID] ){
    $query = mysql_query("SELECT * FROM sub_categories WHERE id_cat = '".$rowCat[cat_ID]."' ORDER by nom_subc") or die(mysql_error);
 
        while($sub_cat = mysql_fetch_array($query)){
?>
   <li  class="odd"><a href="index.php?id=<?=$rowCat[cat_ID]?>&amp;sub_categoria=<?=$sub_cat[id_subc]?>&amp;select3=<?=$_GET[select3]?>" style="width: 150px;">&nbsp;&nbsp;<?=$sub_cat[nom_subc]?></a></li>
           <?if ( isset( $_GET['sub_categoria'] ) && !empty( $_GET['sub_categoria']) && $_GET['sub_categoria']==$sub_cat[id_subc]  ){
    $query = mysql_query("SELECT * FROM marca WHERE id_subc = '".$_GET[sub_categoria]."' ORDER by nom_marca") or die(mysql_error);
        while($sub_cat = mysql_fetch_array($query)){
 
?>
   <li  class="odd"><a href="index.php?id=<?=$rowCat[cat_ID]?>&amp;sub_categoria=<?=$sub_cat[id_subc]?>&amp;select3=<?=$_GET[select3]?>" style="width: 150px;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<?=$sub_cat[nom_marca]?></a></li>
<?
        }
}
?>
<?
 
 
        }
}
 
 
}
?>