recuerda que php y javascript son lenguajes que se ejecutan en distintos contextos, mientras php se ejecuta en el servidor, javascript se ejecuta en el cliente...
dicho así, es imposible para php ejecutar código javascript, ya que no son lo mismo!!
lo que si puede hacer php es imprimir código javascript, y bueno, al final cuando el navegador reciba tu documento interpretará el código javascript que haya en el...
¿no es eso lo que haces actualmente?