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La única forma de que tu archivo PHP se ejecute sin necesidad de pasarlo por el navegador, es a través de la linea de comandos... de otra forma siempre tendrás que colocar tus archivos en la carpeta que es gestionada por tu servidor web.
http://localhost/archivo.php // <- Esto es valido, el archivo php es interpretado por php que trabaja en conjunto con apache (u otro).
file:///C:/archivo.php <- Esto jamas sera interpretado, ya que el interprete de PHP no funciona de esta manera.
los archivos .HTML si son mostrados en el navegador ya que no necesitan interpretarse por otro que no sea el navegador web.