actualizacion invisible

[CarlosAP]

No estoy seguro pero me temo que el problema que tienes es porque estás mezclando el Statement y el PreparedStatement, te diría que pruebes a crear las sentencias de la siguiente forma:

PreparedStatement guardar = conectar.prepareStatement("INSERT INTO clientes (id,empresa,contacto,telefono,direccion,mail,ciuda d,clasificacion) values(?,?,?,?,?,?,?,?)");
PreparedStatement busque = conectar.prepareStatement("SELECT * FROM clientes ");
PreparedStatement actua = conectar.prepareStatement("UPDATE clientes SET empresa= ?, contacto= ?, telefono= ?, direccion= ?, mail= ?, ciudad= ?, clasificacion= ? WHERE id= ?");

Como bien has hecho en guardar, el PreparedStatement gestiona los tipos de datos a posteriori cuando estás realizando "actua.setString(i, value)", por tanto no necesitas manejar ni comillas para cadenas ni comas para separar valores. Si aún así no se lo traga, te diría que probases en el phpmyadmin o el DBMS que estés utilizando a realizar la consulta a pelo a ver si se la traga o estás teniendo problemas de tipos...