Cita:
Iniciado por jonasanx 
Te falta el print (o el echo).
Código HTML:
var decHora = "<?php echo $horas[0] ?>",
uniHora = "<?php echo $horas[1] ?>",
decMin = "<?php echo $minutos[0] ?>",
uniMin = "<?php echo $minutos[1] ?>",
decSeg = "<?php echo $segundos[0] ?>",
uniSeg = "<?php echo $segundos[1] ?>";
ya t comento que si lo pruebo por separado me funciona perfectamente