Hola, lo que pasa es que esas extenciones quieren decir diferntes formas en que está el programa, Me explico :
.deb es la extensión que identifica a los paquetes que fueron compilados para distribuciones de Debian y sus hijas como Ubuntu.
.rmp es la extensión que identifica a los paquetes que fueron compilados para districubiones como fedora y red hat.
Hay que poner claro que no se pueden intercambiar. Ahora, depende de la distribución que uses, apt-get busca los paquetes correspondientes, no toca decirselo.
los .bin son programas al mejor estilo .exe de windoes son programas que tienen todo listo para instalarse y está todo contenido en ese unico archivo .bin los llaman ejecutables y sirven para cualquier distribución.
Para mas informacion mira en la parte que dice:
Mediante archivos
Bienvenida a la cultura libre ;)
espero sirva
ciao