Procesamiento de funciones y Consultas MySQL

[filmixt]

Hola a todos,
A ver si alguien me sabe resolver algunas dudas que tengo. =)

#1 Mi primera duda consiste en saber si el hecho de incluir en la cabecera de una web un archivo con funciones muy largas influya en el tiempo de carga de la misma, esto es, si el hecho de tener funciones sin declararlas posteriormente son leídas por el servidor aunque no vayan a usarse, y repercuta en el uso de recursos.

#2 Cual es la forma "correcta" de hacer consultas. Ya sé que es un tópico, pero no consigo aclararme con lo que dicen unos y otros.
Uno establece una conexión con mysql_connect, después hace una consulta volcando los resultados en un array, y después, ¿QUÉ hay que hacer realmente? ¿hace falta cerrar conexiones o vaciar variables? Funciones como mysql_free_result() y mysql_close()

¿CONTEXTO? Bueno, para que me entendáis, me refiero en un ámbito de portal con un tráfico elevado -hasta 1000 online-, y consultas de datos nada extensos (de pocos caracteres). Son MUCHAS conexiones no obstante.

¡Muchas gracias de antemano!