Cita:
Iniciado por Xerelo 
¿A qué te refieres con formato unix?
UTF-8 acepta la ñ, tildes y cualquier letra de los alfabetos latinos.
Antes de tratar de solucionar un problema, asegúrate de que el problema existe.
Quiero generar un fichero de texto en eclipse, esto deberia dar igual porque solo es un entorno, en windows y en España, y al abrir el fichero generado en unix y en otros paises, es decir, va a tener otra configuracion de lenguaje que la mia, y al abrirlo los caracteres raros, ñ, tildes, etc, que ese pais no tiene, no los convierta en interrogaciones o cualquier otro caracter raro.
Yo se que los saltos de linea los trata de forma distinta, es decir, Windows al crear el fichero pone un \r\n y cuando pasa a unix te puede saltar una linea, por eso he añadido yo el \n al final de cada linea y no he usado el metodo que los introduce por defecto, tampoco se si tiene alguna otra limitación, tambien usar tabuladores del teclado he puesto el \t, porque en algun caso me los consideraba un solo espacio y no un tabulador.
No se si tiene algun que otro inconveniente es decir que yo genero un fichero en el sistema operativo windows y al abrirlo en unix, intente alguna conversión rara porque windows y unix traten los ficheros de forma distinta.
Espero haberme explicado bien.