Bluesman74cl
Para eso están las "pasarelas de pago" .. que no es más que una dirección (URL) que te dá tu entidad finaciera junto con el tipo de datos que requieren y todo bajo SSL. El formato de los datos y otros detalles son definidos por esa "pasarela de pago" ..
PHP por ejemplo tiene incorporados algunas funciones para usar algunos sistemas de estos:
MCVE Payment Functions
http://www.php.net/manual/en/ref.mcve.php
Cybercash payment functions
http://www.php.net/manual/en/ref.cybercash.php
(fijate en los comentarios de los usuarios .. ahí tienes un ejemplo de uso de una "pasarela de pago" .. concretamente esa de cybercash ..)
Un saludo,