Pues .. no sé que rutinas estas usando para listar esos archivos y directorio .. pero solo tienes que usa un IF para tu contador ..
Código PHP:
$contador=0; // incias el contador ..
INICIO de tu bucle que leas ese directorio ...
// la condición ... para el contador
if ($nombre_archivo !=".." && $nombre_archivo !="."){
$contador++; // lo incrementas si no es un directorio o es si mismo..
}
FIN de tu bucle que uses para leer el directorio ...
Un saludo,