He usado NPOI (un port de POI para la plataforma .NET), pero solo para la creación de planillas, pero está librería tambien permite read/write, a si que puedes abrir la planilla, trabajar sobre una hoja y editar ciertas celdras, luego guardas el archivo.
http://npoi.codeplex.com/
(Tiene un ZIP lleno de ejemplos)
PD: Lo mejor de la librería, es que no requiere Microsoft Office instalado, ya que ella implemente el acceso y edición de los documentos office (sin pasar por las librerías e interfaces que ofrece la suite OFFICE, por lo tanto es más portable).
Saludos.