No es que el BAT se conecte, sino que ejecuta el comando
ftp de Windows. Dentro del BAT puedes llamar el comando
ftp -s:archivo.txt host
Dentro de
archivo.txt tienes todos los comando que se van a ejecutar una vez que se conecte al servidor. La primer linea debe ser el usuario y la segunda la contraseña. Por ejemplo:
Código archivo.txt:
Ver originalusuarioFTP
contrasenaFTP
lcd c:\carpetaASubir
put archivo1
put archivo2
...
bye
Tendrias que generar la lista de comandos con el BAT o con cualquier lenguaje que sepas (Java, VBscript, etc)