Cita: ¿Alguien puede orientarme sobre donde se pueden estar colando a mi web?
Si no hay permisos excesivos, ya tienes una contraseña fuerte. Restan un par de cosas:
1.- Que tu proveedor investigue y vea de qué forma se modifica el archivo, si por ftp, por apache, etc.
2.- Limpia tu PC de spyware/malware, muchas veces tienes algún bicho en tu máquina que loguea todo lo que escribes, como passwords (incluso los nuevos, que cambias) de ftp y demás, que pueden llevar a futuros hackeos.
3.- Analiza la programación de tu web, quizás tienes algún bug en el código que permite la inyección de cadenas de código.
4.- Si es un script comercial, asegúrate de tenerlo al día, actualizado al 100%, al igual que sus módulos.
Saludos,