Bueno, me parece que esto deberá solucionarse con 2 consultas y la ayuda de PHP...
Código PHP:
$sql1="select aula from reservas left join fechasreserva on reservas.id=fechasreserva.reserva where fechasreserva.fecha='2003/04/29' and reservas.hora=15"
$qr_ocupadas= mysql_query($sql1);
while ($rs_ocupadas=mysql_fetch_row($qr_ocupadas)){
$ocupadas[]=$rs_ocupadas["aula"];
}
$ocupadas=implode(",",$ocupadas);
$sql2="select * from aulas where id not in ($ocupadas)";
...
Creo que por ahi va...
Saludos!