Bueno, después de dos días de trabajo conseguí dar con la solución.
Siguiendo este hilo podéis instalar todo lo necesario:
http://ubuntuforums.org/showpost.php...&postcount=967
Si ponéis el siguiente comando podréis realizar la conversión a mp4, usando el codec de vídeo h.264:
Código shell:
Ver originalffmpeg -i video.ext -f mp4 -b 2M -r 24 -vcodec libx264 \
-ab 126k -ar 48k -acodec libfaac -vpre slow video.mp4
En realidad, los parámetros de tasa de bits, frames,... se pueden modificar por los deseados, pero es importante poner
-vpre slow.