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Bueno al menos pongo los avances de lo que he hecho:  
JS   
Código:
 var conexion;
function confirmar(archivoEliminar)
{
  if(confirm('¿Realmente desea eliminar el archivo por completo? \n\n NOTA :: El archivo dejará de existir para siempre.'))
  {
    conexion=HttpRequest();
    conexion.onreadystatechange = dibujar;
    conexion.open('POST','?', true);
    conexion.setRequestHeader("Content-Type","application/x-www-form-urlencoded");
    conexion.send("dato="+archivoEliminar);
  }
}
    
PHP   
Código:
 if (!empty($_POST['dato'])) {
  echo '<div id="proceso"></div>';
  echo '<a href="/''.unlink($archivoEliminar).'/'" onclick="javascript:return confirmar();"></a> '.$archivoMostrar.'<br /><br />';
}
  
Lo que no sabría es interpretarlo de tal forma que cuando pulse el botón de eliminar y pase la ruta completa "?dato=ruta_completa_del_archivo.extension"...  . PHP esté atento para verificar que se le ha pasado la ruta. 
Pero directamente elimina los archivos.... mientras tanto seguiré viendo las ayudas que me aconsejeis y poniendo por aquí si he conseguido algún resultado.  
Espero que alguien se anime a aportar algo para que al menos me dé alguna idea.  
Gracias y Salu2