Sólo hay que escapar el patrón.
Código PHP:
Ver original$code = '<div name="div_x">equis<hr name="hr_x"></div><div></div>'; // Codigo completo
$codeS = addslashes('<div name="div_x">equis<hr name="hr_x"></div>'); // Código que queremos quitar
$code = preg_replace( "#(.*?)".$codeS."(.*?)#is", "\\1\\2",$code);
echo $code;
// Devuelve
// <div></div>
Ese ejemplo es funcional. En tu caso $code sería $datos[12] (cadena completa) y $codeS sería $code (porción que quieres quitar).