buenas...
en el primero estas indicando la raiz del dominio, por tanto te llevara a la raiz. fijate que <base> no indica cual es la raiz del dominio, simplemente es una forma corta que le indica al navegador como resolver las urls relativas. mientras la url del enlace -o de cuaquier otro recurso- no tenga referencia absoluta -especificamente protocolo y dominio- o referencia a la raiz, entonces el navegador usara como referencia la url de <base>. para que una url relativa haga referencia a la url de <base>, simplemente indicas como valor de href un punto.
