Es solo cosa de ejecutar la consulta correspondiente, si por ejemplo quieres ejecutar:
Cita: CREATE TABLE
`id` int(11) unsigned not null auto_increment,
`foo` varchar(255) not null,
`bar` varchar(255) not null,
PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=MyISAM charset=utf8 collation=utf8_unicode_ci;
Metes eso en una variable y lo ejecutar con mysql_query()
Código PHP:
$var = 'CREATE TABLE
`id` int(11) unsigned not null auto_increment,
`foo` varchar(255) not null,
`bar` varchar(255) not null,
PRIMARY KEY `id`
) ENGINE=MyISAM charset=utf8 collation=utf8_unicode_ci;';
mysql_query($var); //ejecutar consulta