Si es recomendable o no creo que va a depender de la carga de datos que necesitas guardar... y de que tengas bien hechos los indices para apurar las busquedas futuras.
En cuanto al limite de mysql, yo se que mysql tiene el limite de la maquina como barrera, eso implica que puedes tener una base de datos de 4TB y si tu maquina lo permite no deberias tener problemas. Eso si... por ahi lei que despues de 30000+ y algo inserciones, pasan de 100% a 12% en la velocidad de insercion... Pero mas alla de eso no he visto otros casos.
Suerte!
