MaxDgy, me da la impresion de que tienes cierta obsesion respecto a cuestiones de seguridad.
Yo uso WS-FTP Pro en una version muy antigua, pero todavia muy util; tambien almacena la configuracion de los sitios (incluyendo contraseñas) en una carpeta dentro de "documents and settings", pero:
1- Si tu eres el unico que usa la computadora que tiene ese programa instalado, no hay problema realmente, sobre todo si tienes buenos habitos de navegacion y evitas abrir programas y/o enlaces recibidos de gente que no conoces.
2- Si alguien mas usa la computadora, puedes optar por tener todas las contraseñas anotadas en una libreta y evitar que tu cliente de FTP las "recuerde".
3- Alguna vez quise probar FileZilla y no me satisfizo, principalmente por la facilidad con que WS-FTP administra los sitios (no requieres tutorial para usarlo en cuanto lo instalas).
Te recomendaria que en lugar de cambiar tu cliente FTP dejes de usar IExplorer para navegar por internet, usalo solo para ver como van quedando tus sitios en local y, tambien, cambia de antivirus!!!... sugierote
Avast Home, requiere registro para obtener licencia anual, pero es gratuito.