Bueno tenes varias opciones, te paso dos, setear en el application.ini el baseUrl
    
Código INI:
Ver originalresources.frontController.baseUrl = "/subdir"
  
o si queres que lo resuelva Zend crear un request y setearselo al frontController antes de llamar a baseUrl    
Código PHP:
Ver original//Bootstrap.php
protected function _initFc()
{
    $this->bootstrap('frontController');
    $fc = $this->getResource('frontController');
    $fc->setRequest(new Zend_Controller_Request_Http());
 
    $baseUrl = $front->getBaseUrl();
    ...
}
  
Saludos.