Hola,
Cita:
Iniciado por KLap 
... Si cierro de golpe la interfaz la consulta podría quedar a mitad y no pasarse bien los datos, por lo que creo que necesito crear un Thread y hacer el join antes de llamar al exit de programa para que el hilo termine. ...
El problema no es de Java, es de base de datos transaccional e integridad, las operaciones atómicas se realizan en una sola transacción, o se logra toda la operación (commit) o se desecha (rollback). Aun cuando logres sincronizar los Threads a su máxima exactitud con un simple fallo puede quedar una operación a medias. En el mundo de J2EE existen las transacciones a nivel de Java, pero en J2SE tendrías que recurrir a las instrucciones transaccionales de la base de datos que estas usando.
Saludos,
Transacciones en JDBC:
http://download.oracle.com/javase/tu...nsactions.html
Transacciones en Oracle:
http://download.oracle.com/docs/cd/B...4/c17trans.htm
Transacciones en J2EE:
http://www.javaworld.com/jw-07-2000/...ansaction.html