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Iniciado por KLap 
Si cierro la aplicación, obviamente Java se queda a mitad y no mete todas las tuplas, por lo que si tenía 100 tuplas en la BD1 y cuando estoy haciendo mediante mi app java los inserts en la BD2 cierro, me quedo con 50 tuplas en la BD2 y es lo que no quiero que pase. Obviamente si se va la luz etc. tendré que hacer algún tipo de recover comprobando lo que se metió la última vez. Pero esto lo quiero sobre todo por si el usuario va a cerrar la app, que esta espere a que se termine el proceso de inserción.
Eso se llaman transacciones ... o se ingresan las 100 o no se ingresa ninguna. Y es por lo mismo de no tener que estar restaurando copias de seguridad si falla algo. Si falla cada semana vas a estar muuuuy ocupado si no usas transacciones :) .
Pero para esperar o mostrar un mensaje de confirmación, concuerdo que el método propuesto por
sivadmp es el mas adecuado, solamente tienes que agregar un 'flag' boolean con el estado (terminado / no terminado), si el estado es no terminado que no salga de la aplicación y muestre el mensaje de confirmación.
Saludos