Lo de "bajar" archivos del servidor .. no hay problema. Desde un simple link hacia los archivos, hasta algo mas elaborado que te generase un ".zip" con esos archivos y te los entregue a descarga ...
El problema está en "subir" ciertos Archivos desde el Cliente. Los archivos que puedes "subir" al servidor han de pasar por la selección manual del usuario (por lo menos si subes archivos via HTTP).
Una opción que puedes emplear para subir/bajar esos archivos es que el Cliente (en PC desde donde "subas" esos archivos) tenga instalado y corriendo una cuenta de FTP (servidor FTP) al cual conectaras via PHP. Esto es la única manera de que no se requiera del usuario para que seleccione esos archios a "Subir".
En las FAQ's tienes un ejemplo de "subir" multiples archivos al servidor via HTTP, pero como veras cada archivo hay que selecionarlo manualmente por el usuario:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...636#post296636
Lo de "bajar" archivos puedes emplear un simple link hacia el archivo .. o "enviarlo" via PHP como muestra esa otra FAQ:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...781#post306781
Un saludo,