Con que versión de IE lo estás probando? Si es que es IE6, no te preocupes que ese ya está pasado de moda. Joomla siempre ha tenido algo de problemas con IE, por lo que varios estamos en contra de aquel navegador..
Prueba de todas maneras hacerle una validación y corregir eventuales errores con
http://validator.w3.org/ y trata de ver que pasa desactivando algunos Plugins y componentes igualmente por si es que encuentras el problema.
Igualmente puedes activar un aviso para IE 6 o inferior sugiriendo otro navegador o la actualización a IE8.
Saludos y Suerte.