buenas...
creo que la mejor manera es la que expone panino, revisar la existencia de padre por cada intervalo. como curiosidad o dato extra en como el padre puede recuperar la referencia de las ventanas hijas. al menos en chrome me funciona, no he intentado en los demas. consiste en volver a crear el popup con el mismo nombre de la ventana pero con una url vacia para que la ventana hija se mantenga en la pagina actual. sin embargo, hay al menos dos contraparte. la primera e importante es que el navegador podria bloquear la creacion de la instancia. me he fijado que en chrome se puede recuperar la instancia siempre y cuando indiques el nombre de la ventana y dicha ventana este abierta. la otra contraparte no es tan complicada, se trata que tendrias que mantener referencia sobre los nombres de las ventanas y que estas esten disponible durante la navegacion. puedes usar cookies o local storage para este proposito.
actualizacion: hice las pruebas en firefox e iexplorer, en ambos me funciona el modelo descrito.
