Supongo que lo que quieres es que las cajas queden pegadas al borde inferior de su contenedor y no al fondo. Yo tampoco lo entendí a la primera.
Mi navegador tampoco entendió el HTML5 hasta que le hice saber de su existencia. De momento no constituye un estándar.
Salvo que CSS3, que tampoco es estándar aún, tenga alguna forma más simple de lograrlo(
http://www.w3schools.com/css3/css3_pr_box-align.asp), sólo se me ocurre utilizar posicionamiento absoluto para las cajas dentro de un contenedor con posicionamiento relativo. En esas circunstancias la etiqueta aside supongo que pierde totalmente su razón de ser.
También podríamos desplazarlas mediante posicionamiento relativo o usando márgenes, pero en cualquier caso es necesario que conozcamos de antemano la altura de las cajas para realizar los ajustes.