Podrias contar la cadena
strlen de acuerdo a los carcteres le agregas los 0 a la izquierda, por ejemplo :
Código PHP:
Ver original$valor=123;
$ceros=6;
$total=$ceros-$tucadena;
Luego realizas la inclusion de ceros a la izquierda y a medida que los agregues puedes separarlos por
: