Hace poco tiempo atras tuve un problema con unos SP y los tuve que ejecutar directamente en un mssql_query() de esta manera:
Código PHP:
$sql = "EXEC SP '".$parametro1."','".$parametro2."'";
$res = mssql_query($sql);
Prueba de esta manera, en una de esas te resuelve el problema.
Saludos!