Lo que te recomiendo, que falla tanto mi código como el tuyo es que aquello que sea html, no lo encierres en las etiquetas de PHP.
Código PHP:
Ver original<?php
$dir = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/'; // c:/wamp/www/
$url = 'http://localhost/';
?>
<ul>
<?php foreach(glob($dir . '*', GLOB_MARK
) as $file){ ?>
<li><a href="<?php echo $url . $pathInfo['basename']; ?>">'<?php echo $url . $pathInfo['basename']; ?></a></li>
<?php } ?>
</ul>